Am 31.10./1.11.1998 wird ein neuer Landesvorstand gewählt. Klaus-Dieter Feige, Kurt de Swaaf und Jörg Sauskat werden bestätigt. Neu sind Schatzmeister Steffen Prignitz, Sprecherin Maren Klußmann-Fricke (die aus persönlichen Gründen ein halbes Jahr später ihr Amt aufgibt) sowie als weitere Mitglieder Jürgen Suhr und Susan Mittrenga, die nach einem Jahr aus dem Landesvorstand wieder ausscheidet.

Der neue Vorstand wendet sich vorrangig Struktur- und Finanzfragen zu. Da sich der Landesverband mit den Wahlen 1998 verausgabt hatte, müssen Einschnitte im Haushalt 1999 und in der mittelfristigen Finanzplanung vorgenommen werden. Daneben stehen Fragen wie die Öffnung des Landesverbandes und die Stärkung bzw. der Neuaufbau einzelner Kreisverbände auf der Tagesordnung.

Inhaltliche Knackpunkte des Jahres 1999 sind die Anfänge als Regierungspartei auf Bundesebene und der Kosovo-Einsatz der Bundeswehr, über den eine LDK in Klink im Mai 1999 berät. Da der Landesvorstand sich nicht auf einen gemeinsamen Antrag einigen kann, unterstützen seine Mitglieder drei verschiedene Papiere: Klaus Feige und Jürgen Suhr den Antrag gegen den Einsatz, Susan Mittrenga, Steffen Prignitz und Jörg Sauskat vertreten die Linie des Bundesvorstandes und Kurt de Swaaf bringt einen vermittelnden Antrag ein. Die LDK spricht sich mit großer Mehrheit gegen den Einsatz aus.

Die Kommunalwahl in Zeiten des Kosovo-Krieges (Mitte 1999) bringt für den Landesverband das Ausscheiden aus etlichen Kreistagen mit sich. Nur in Rostock (innerhalb der Wählergruppe Bündnis 90), Schwerin, Greifswald und Müritz gelingt der Wiedereinzug. Die Kreisverbände Ludwigslust und Stralsund scheitern knapp an der 5-%-Hürde. In der Folge vereinbart die Greifswalder Bürgerschaftsfraktion von Bündnis 90/Die Grünen eine Kooperation mit der CDU.

Mit dem Ausscheiden von Maren Klußmann-Fricke und Susan Mittrenga wird der Landesvorstand leider ein reines Männergremium. Auch das ist ein Grund dafür, um im Herbst 2000 die Satzung zu ändern und die Position einer Politischen Geschäftsführung einzurichten. Damit wird auch auf die Nicht-Professionalisierung des Sprechers und die unbesetzte Sprecherinposition reagiert.

Mit der 17. LDK in Malchow (Oktober 2000) scheidet Klaus-Dieter Feige aus dem Landesvorstand aus. Neuer Sprecher wird Jürgen Suhr. Steffen Prignitz und Jörg Sauskat verbleiben im Vorstand, während Annelie Katt in ihn zurückkehrt und Carmen Lange (Parchim) und Johann-Georg Jaeger (Rostock) neu gewählt werden. Die Sprecherinposition bleibt unbesetzt. Politische Geschäftsführerin wird Ulrike Seemann-Katz.

Im Herbst 2001 wird das Regionalbüro Greifswald der Bundestagsfraktion, lange Jahre von Rosmarie Poldrack geleitet, nach Rostock verlegt. Neuer Mitarbeiter wird Jörg Sauskat, der deshalb aus dem Vorstand ausscheidet. Nachfolger wird Klaus-Dieter Feige.

Im Zuge der ersten direkten Bürgermeisterwahlen wird Hans-Jürgen Zimmermann, Bürgermeister von Ludwigslust seit 1990, Mitte 2001 mit 60 % im ersten Wahlgang wiedergewählt. Ein ähnliches Ergebnis erreicht Joachim Stein ein Jahr später in Malchow. Harald Terpe erzielt 2002 in Rostock 19,1% der Stimmen, Silke Gajek in Schwerin 10%, Rüdiger Zöllig im April 2003 in Schwaan 9,2%.

Die Landtagswahl 2002 bestreitet der Landesverband mit Ulrike Seemann-Katz und Jürgen Suhr als Spitzenkandidaten, Platz 1 der Bundestagsliste nimmt Klaus-Dieter Feige ein. Bei der Landtagswahl erhält der Landesverband 2,5%, bei der Bundestagswahl 3,5%. Für ein Bundestagsmandat fehlen nur wenige Stimmen.

Nach den Wahlen wird am 23.11.2002 der Landesvorstand neu gewählt. Erstmals seit 1996 ist er wieder vollständig quotiert. Ulrike Seemann-Katz wird als Politische Geschäftsführerin für eine zweite, Steffen Prignitz als Landesschatzmeister für eine dritte Amtsperiode bestätigt. Neuer Sprecher wird Johann-Georg Jaeger, Sprecherin Carmen Lange. Als weitere Mitglieder werden Klaus-Dieter Feige, Andreas Küstermann (HST/RÜG/NVP), Marie-Luise Junga (HRO) und Christiane Hämling (Müritz) gewählt.

Mit dem Fall der 5-%-Hürde zur Kommunalwahl steigen die Chancen, 2004 den Wiedereinzug in zahlreiche Kreistage zu schaffen. Der Landesverband richtet zur Vorbereitung der Kommunalwahl zum 1. Juli 2003 ein Büro in Neubrandenburg ein und unterstützt den KV Stralsund finanziell darin, im September gemeinsam mit dem Forum Kommunalpolitik ein Büro zu eröffnen.

Am 20. Juni 2003 feiert der Landesverband sein zehnjähriges Bestehen.